El Ranking CYD 2016 realizado por la Fundación Conocimiento y Desarrollo muestra el liderazgo de la UJI en el ámbito de la investigación, donde consigue la calificación de centro de alto rendimiento en indicadores como el impacto de las investigaciones, la elevada citación de las publicaciones o el número de posdoctorados en relación con el profesorado de la Universidad. La UJI también destaca en cuanto a la contribución al desarrollo regional, donde logra la calificación de alto rendimiento por la obtención de ingresos regionales. La Fundación Conocimiento y Desarrollo (CyD), colaboradora en el ranking internacional U-Multirank, elabora anualmente un ranking nacional que ha contado en la edición de 2016 con la participación de 66 universidades públicas y privadas de ámbito nacional.

En la dimensión de Investigación, la UJI se sitúa como centro de alto rendimiento en cinco de los diez indicadores, en una posición intermedia en cuatro de estos indicadores, y solo muestra un perfil más bajo en publicaciones interdisciplinarias que incorporan referencias a otros campos científicos. De este modo, la UJI está por delante en el indicador que recoge la media del número de citaciones de las publicaciones de una universidad poniéndolo en relación con su ámbito y el año de publicación. También consigue una buena posición en publicaciones altamente citadas en sus respectivos campos, en el número de posdoctorados en relación con el profesorado de la Universidad, en la relación entre el PDI funcionario que no ha acumulado ningún tramo o sexenio respecto al total del profesorado y en el de resultados artísticos.

La UJI sobresale también en el apartado de Contribución al Desarrollo Regional, donde se sitúa como grupo de excelencia en la obtención de ingresos regionales